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【线上课程】微生物组学数据分析与挖掘专题培训班(5.13-15)
【线上课程】计算机辅助设计—分子模拟与蛋白互作研讨班(5.20-22)
【线上课程】10X Genomics单细胞转录组测序及多组学数据挖掘技术培训班(5.7-9)
【线上课程】生物分子互作常用软件实操班(4.22-24)
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免费||生物医学数据技术应用系列直播课(2020.3.4-11)
2020.4.23-25 计算机辅助设计—分子模拟与蛋白互作研讨班
2020.4.22-25 转录组学专题研讨班
2020.4.15-18 多组学数据分析及挖掘培训班
2020.4.8-10 生命科学的数据可视化与科研作图----实用工具与技巧
2020.3.26-28 生物分子互作常用软件使用培训班
2020.3.19-21 10X Genomics单细胞转录组测序及多组学数据挖掘技术培训班

 转录组学专题实操班

近年来,随着高通量测序技术的迅猛发展,转录组研究从以前的微阵列技术,SAGE及MPSS技术的低通量模式切换至RNA-seq的高通量模式。转录组学作为一个伴随高通量测序技术率先发展起来的技术开始在生物学前沿研究中得到了广泛的应用。RNA-seq对于真核生物的基因表达调控,癌症等疾病的发生机制和新治疗方案确定,遗传育种等众多方面的研究具有不可估量的潜力。为了辅助广大科研工作者掌握转录组高通量测序技术原理、实验设计以及后期数据分析技能,举办转录组学专题实操班。欢迎报名参加。更多消息可关注“生信会议”公众号,会给您带来更多惊喜!

 

主办单位:北京市计算中心

协办单位:

北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心

云计算关键技术与应用北京市重点实验室

北京市计算中心—工信部和信息化人才培养工程培训基地

北京市计算中心—北京市大数据教学实践基地

授课形式:线上直播(理论+实操,每场都安排助教)

课程安排:2020年4月13-16日   上午9:30-11:30   下午:13:30-17:00

日期

主题

内容

备注

一天

转录组学前沿概述

1.转录组技术发展前沿动态

2.转录组应用案例及应用热点

理论

转录组学实验和分析基础

1.转录组学研究的实验技术

2.转录组技术流程及技术细节(重点讲解)

3.常用的转录组测序建库技术

理论

Linux基础操作

1.Linux基础操作

上机操作

二天

De novo转录组数据分析上机实践

1.原始测序数据的检测和预处理(重点讲解)

2.使用Trinity拼接转录组数据(重点讲解)

3.原始数据与拼接转录本的比对(重点讲解)

4.表达量统计和差异表达分析(重点讲解)

5.使用blast对转录本进行功能注释(重点讲解)

6.寻找转录本的ORF,翻译蛋白质序列

7.转录因子注释

上机操作

Reference based转录组数据分析

上机实践(一)

1.转录组数据准备和软件介绍

2.使用HISAT进行转录组数据的比对(重点讲解)

3.用IGV查看比对结果

4.使用cufflinks进行表达量估计和分析(重点讲解)

5.使用samtools检测转录组数据中的突变(重点讲解)

6.差异表达基因的功能分析(重点讲解)

上机操作

三天

Reference based转录组数据分析

上机实践(二)

1.lncRNA目前的定义、应用和发展

2.lncRNA的生物学过程(重点讲解)

3.lncRNA的测序(重点讲解)

4.lncRNA测序数据分析案例展示(重点讲解)

5.利用tophat和cufflinks组合,预测转录本

6.使用CNCI预测新的lncRNA转录本(重点讲解)

7.使用LncTar软件预测lncRNA调控的靶基因(重点讲解)

理论+

上机操作

microRNA测序与数据分析(包含上机实践

1.microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义

2.microRNA的生物学过程(重点讲解)

3.microRNA的测序(重点讲解)

4.microRNA测序数据分析软件(重点讲解)

5.microRNA测序数据预处理(重点讲解)

6.microRNA的预测(重点讲解)

7.microRNA靶标基因预测,结果提取、统计(重点讲解)

理论+

上机操作

四天

10x单细胞转录组测序数据常规分析流程介绍及上机实操

1.10x单细胞测序技术在科研领域的应用

2.10x单细胞实验建库原理介绍

3.10x单细胞转录组下机数据处理

4.10x单细胞软件Cellranger讲解及实操(重点讲解)

5.从单细胞表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操

理论+

上机操作

注:课程以实际发生为准。

报名费用

注册费:3650/人(含本次听课费、上机账号1个资料费、证书费、考试费(如有)赠送一年内同等金额同课程体系线下班一个和线下7折班一个)。

备注:若您不方便参加线下班可将赠送的线下班换成2个线上班。

开具增值税发票,提供盖章通知、结业证书等相关材料。

课程结束后,可将上课期间用到的数据、PPT资料、脚本、视频等相关文档,通过移动硬盘邮寄的方式快递到您手上,便于您后续继续学习使用。

报名优惠政策

1、3人以上团体报名每人可减少300元;

2、4+1团报,可免费赠送一个名额;

3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

包年优惠价

按年付费,45000元/人。包括报名后1年以内所有线上+线下课程全年免费参加;高性能计算资源基础账号1个,使用期限1年。

付费方式

银行转账:

单位全称:北京市计算中心

账号:0200151819100023937

开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行

(汇款信息备注:“生物计算——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)

 

报名回执

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咨询请联系

QQ号:2814500767

邮箱:bcc-sxpx@bcc.ac.cn

徐老师010-59341786,15801436028(微信同号)

员老师010-59341773,18701529461(微信同号)

开课前三天会发送邮件通知;确认开课后,开课前一天会将直播链接及上机账号发至您邮箱或微信。如未收到,请及时电话咨询。

 

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