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生物计算事业部技术团队
2013-08-09

陈禹保 博士

照片  美国签证 20140016.jpg

陈禹保,博士,副研究员,北京市计算中心生物计算部经理。曾留学澳大利亚墨尔本大学(Department of Zoology, the University of Melborune)。目前主持构建以生物医学数据为中心的生物医学数据整体方案解决平台,现已形成了具有一定的数据挖掘分析能力的生物信息技术服务平台,其中包括高通量测序数据分析、基因芯片数据分析等。在高通量测序数据分析平台上进行了多个高通量测序数据分析,包括蚜虫、苹果、茶叶等转录组的数据深度分析,还对真菌基因组进行了DE NOVE组装拼接;负责国家863”项目《原发性高血压病与增殖抑制基因(HSG)相关性的应用基础与临床研究》(2008AA02Z441)的基因测序与数据分析,成功完成了项目中高血压基因多态性与高血压疾病的关联分析,找到了一些很有意义的多态性位点。作为项目负责人之一,联合安贞医院成功申报了北京市自然科学基金重大项目,《中国北京地区原发性高血压发病风险评估及早期预警体系的研究》(资助号:7120001)。并以此为起点开始生物医学数据库的构建和基于数据整体方案解决平台建设,逐步建成一个基于遗传多态性数据的健康预警与个性诊疗平台(健康管理与预警平台)。2014年作为创新团队首席科学家获得北京市科学技术研究院创新团队项目支持(疾病与药物基因组学在II糖尿病研究中的应用,资助号:IG201406N),目前主要致力于高血压数据库及基于此数据库的诊断预警模型构建,以期通过个案研究,探讨出一个医学数据为基础的诊疗模型,建立一个可商业化的服务于大众的健康管理云;同时在进行糖尿病药物基因组学研究,发表论文二十余篇,并拥有多项生物医学相关专利。

代表性论文:

Shasha Li, Hang Fan, Xiaoping An, et al. Scrutinizing virus genome termini by high-throughput sequencing. Plos One, 2014, 9(1): e85806

Lü Qin, Zhixiang Zhang, Xiangyan Zhao, et al. Survey and analysis of simple sequence repeats (SSR) present in the genomes of plant viroids. FEBS Open Bio, 2014, 4:185-189

Yuping Yang, Jing Guo, Pengcheng Yan, et al. Transcriptome profiling identified multiple jasmonate ZIM-Domain proteins inovolved in the regulation of alkaloid biosynthesis in tobacco BY-2 cells. Plant Mol Biol Rep, 2014: DOI 10.1007/s11105-014-0740-2

杜鹏程于伟文陈禹保利用系统进化树对H7N9大数据预测传播模型的评估中国生物工程杂志, 2014, 34(11): 18-23

李俊娥贾利鹃闫鹏程. miRDOA:集数据存储与在线分析于一体的综合型microRNA数据库中国生物工程杂志, 2014, 34(11): 1-8

陈晨杜鹏程,  吴一雷,  病原菌特异基因数据库系统的开发及应用中国预防医学杂志, 2013, 14(5): 396-340

赵勇黄劲松宋新蕊宏基因组的生物信息分析生物信息学, 2013, 11(4): 282-286

Jun Xiao, TuomiZou, Yubao Chen, et al. Coexistence of diploid, triploid and tetraploidcrucian carp (Carassiusauratus) in natural waters. BMC Genetics, 2011, 12: 20

朱大强李存陈斌四种常用高通量测序拼接软件的应用比较生物信息学, 2011, 9(2): 106-112

黄劲松黄捷勤唐启慧肺炎支原体P1蛋白羧基端基因片段在大肠杆菌中的表达及应用研究中国生物工程杂志, 2010, 30(11): 65-69

代表性专利:

陈禹保大规模筛选培养板专利号: ZL 2007 2 0173880.8

陈禹保乙型肝炎核心抗原酶联免疫定量测定HBV-DNA试剂盒专利号: 200710098927.3

李文政陈禹保等一种利用大肠杆菌表达烟草富含甘氨酸RNA结合蛋白的方法申请号: 201010110901.8

陈禹保黄捷勤, Sanger测序反应优化剂及其制备方法和用途专利号: 201110165816.6

张永辉 博士
技术3  张永辉  博士.jpg张永辉,博士,生物计算事业部技术总监,20年分子生物学,分子遗传学及癌症生物学实验室经验,10年负责哥伦比亚大学Genomics Core Facility 经验,精通生物信息学及大规模生物数据处理及分析。15IT经验,创办、维持哥大癌症Active Directory Domain。参与哥大数据中心的设计及建设。
 
 
裴智勇 博士
技术7  裴智勇  博士.jpg裴智勇,博士,生物信息工程师,毕业于中国科学院植物研究所,基因组进化与生物信息学方向。一直从事生物信息学及数据挖掘技术在遗传学、基因组学等领域的应用研究,熟悉二代测序平台的原理及数据分析方法、基因组学与进化生物学、蛋白质相互作用及pathway分析、蛋白质结构分析、机器学习方法与数据挖掘、表观遗传学等;曾经参与973重大、NNSF等若干项目,正在参与北自然重大项目等工作;近年来发表学术论文十余篇。
代表性论文:
    Pei Z, Mu G, Pan J, et al. Codon usage and coevolution of the large and small subunits of Ribulose-1, 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase. Journal of Systematics and Evolution. 2013,     doi: 10.1111/jse.12022
Cai L, Pei Z, Qin S, et al. Prediction of protein-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae based on protein secondary structure. International Conference on Biomedical Engineering and Biotechnology (ICBEB). 2012, 413-416
Zhao X, Pei Z, Liu J, et al. Prediction of nucleosome DNA formation potential and nucleosome positioning using increment of diversity combined with quadratic discriminant analysis. Chromosome Research. 2010, 18(7): 777-785
Zhao X, Pei Z, Liu J, et al. Nucleosome positioning prediction in C. elegans based on increment of diversity combined with quadratic discriminant analysis. International Conference on Advanced Computer Theory and Engineering (ICACTE). 2010, 1: 266-268
闫鹏程 在读博士
技术5  闫鹏程(新截).jpg    闫鹏程,在读博士,生物信息工程师。研究方向主要集中在转录组测序、miRNA测序和基因组重测序,以及海量数据的生物信息学分析平台构建等方面。2011年入选北京市科学技术研究院创新团队,开发生物计算云平台系统。在生物信息高性能计算领域拥有丰富经验,参与了北京市计算中心高性能计算平台建设。2012年获得北京市科学技术研究院优秀成果奖(主要完成人)。共参与国家自然科学基金2项,拥有发明专利一项,软件著作权一项。参与培训与指导:主讲高通量测序生物信息学课程和R统计制图课程;指导多名本科生毕业实习。感兴趣的领域和科技服务目标:1)生物信息高性能计算和云计算;2)高通量测序生物信息学分析;3)数据统计和数据可视化。
近三年发表的相关论文:
Huang H R, Yan P C, Lascoux M, et al. 2012. Flowering time and transcriptome variation in Capsella bursa-pastoris (Brassicaceae). New Phytologist, in press
Li Z, Zhang Z, Yan P, et al. 2011. RNA-Seq improves annotation of protein-coding genes in the cucumber genome. BMC Genomics, 12: 540
吴一雷, 闫鹏程, 刘充, 等. 2012. 基于高通量RNA测序数据分析的弹性云平台. 生物技术进展, 2(S1)
  
技术6  陈   超.jpg        陈超,硕士,生物信息工程师,澳大利亚墨尔本大学取得信息技术硕士学位,北京市计算中心海外人才。曾参与北京市疾病控制中心微生物生物信息软件服务平台的设计及开发。拥有关于多作业系统调度软件著作权一项,参与申请基于虚拟机管理的数据库构建方法专利一项,RNA测序分析平台论文一篇。现为生物医学云平台项目经理,负责生物医学云平台的整体设计与开发。

 

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