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主题

内容

第一天

生物信息学导论

1、生物信息学发展简史（重点讲解）

2、生物信息学主要研究领域（重点讲解）

3、生物信息学软件和工具概述

生物信息学基础

（上机操作）

1、linux基础

掌握Linux系统下的常用命令（重点讲解）

掌握linux环境下软件的安装使用

了解shell脚本的编写

2、R基础

R语言概述

R包及使用规范

R基础数据结构

R进阶数据结构

R绘图

第二天

二代测序技术原理

1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理

2、主要操作流程及特点

基因组重测序与数据分析

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用

2、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识

基因组重测序数据分析实例（上机操作）

1、对二代测序数据的解读

2、数据质量控制及数据过滤

3、使用BWA和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化（重点讲解）

4、寻找SNP和Indel并进行注释（重点讲解）

5、寻找结构变异并对变异进行注释（重点讲解）

第三天

转录组测序与数据分析

1、转录组基本概况和技术发展简介

2、转录组技术流程及技术细节（重点讲解）

3、转录组应用案例

转录组数据分析实例（上机操作）

1、转录组数据准备和软件介绍及安装

2、转录组数据的比对（重点讲解）

3、表达量估计和分析（重点讲解）

4、后续功能分析简介

第四天

microRNA测序与数据分析

1、microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义

2、microRNA的生物学过程（重点讲解）

3、microRNA的测序（重点讲解）

4、microRNA测序数据分析软件（重点讲解）

5、microRNA目前的挑战以及将来的研究前景

6、microRNA测序数据分析案例展示（重点讲解）

7、近期文献

microRNA数据分析实例（上机操作）

1、microRNA测序数据预处理（重点讲解）

2、测序数据长度分布计算

3、microRNA的预测（重点讲解）

4、microRNA碱基偏好性计算

5、microRNA靶标基因预测，结果提取、统计（重点讲解）

第五天

10×单细胞转录组测序数据常规分析流程介绍及上机操作

1、10×单细胞测序技术在科研领域的应用

2、10×单细胞实验建库原理介绍

3、10×单细胞转录组下机数据处理

4、10×单细胞软件Cellranger讲解及实操（重点讲解）

5、从单细胞表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操

蛋白结构与互作分析

PyMol，Cytoscape