中文  English
您当前位置:首页 > 中文 > 生物计算服务
生物分子互作计算机模拟及优化分析服务
单细胞转录组分析技术链条式解决方案
全基因组关联分析服务
外显子测序技术链条式解决方案
微生物重测序技术链条式解决方案
microRNA测序技术链条式解决方案
有参考基因组转录组分析技术链条式解决方案
De novo转录组分析技术链条式解决方案
靶向测序宏基因组学分析技术链条式解决方案
微生物De novo测序技术链条式解决方案
生物信息技术分析需求单
生物信息技术分析服务流程
生物信息技术服务模式
高通量测序(454/Solexa)
全基因组De novo测序解决方案
全基因组重测序解决方案
宏基因组学测序解决方案
基于SSR富集技术的高通量测序解决方案
全基因组关联分析(GWAS)解决方案
转录组测序解决方案

  外显子测序技术链条式解决方案

样品要求

1)  样品类型:DNA

2)  样品总量:≥15 μg/样;

3)  样品浓度:≥50 ng/μL

4)  样品纯度:OD260/OD280 = 1.8 ~ 2.0,并确保无RNA污染;

5)  样品保存:切忌反复冻融,送样时请使用冰袋或干冰;

6)  血液样品:请使用专业的抗凝管储存样品。

外显子测序捕获平台

目前,主流的外显子测序捕获平台有以下三种:

1)  Nextera Rapid capture Expanded Exome Kit

2)  NimbleGen SeqCap EZ 

3)  Agilent SureSelect Human All Exon Kit

Roche NimbleGen外显子组捕获芯片包括两种不同的产品:SeqCap EZ Exome产品捕获区域达64 MbSeqCap EZ Exome + UTR产品捕获区域达64 Mb + 32 Mb

Agilent外显子组捕获芯片包括两种不同的产品:SureSelect Human All Exon产品的捕获区域为50 Mb SureSelect Human All Exon + UTR产品的捕获区域为75 Mb

Illumina公司最新的外显子组捕获产品Nextera Rapid capture Expanded Exome Kit,捕获区域为62 Mb,包括外显子、miRNA基因和UTR区域。

测序平台

目前外显子测序主要的测序平台如下:

               表外显子测序平台比较

Illumina Sequencing System

Read Length

No. of Exomes/Run

% Bases at ≥ 20x

Miseq System

2 × 150 bp

1

91%

NextSeq 500 System

2 × 75 bp / 2 × 150 bp

6 / 9

90% / 94%

Hiseq 2500 System

2 × 100 bp / 2 × 150 bp

24 / 96

90% / 85%

 

 

 

 

生物信息学分析

 1.jpg

 

实验验证

1)      一代测序验证:

针对目标基因片段的突变位点,设计两条引物,PCR扩增出包含突变的目标基因片段并进行Sanger测序,扩大样本验证突变位点。

2)      芯片验证:

结合特定芯片,可对候选区域突变位点和CNV的变异情况进行扩大样本的验证。

分析结果展示

测序数据质量统计表格

 

Sample

Raw reads

Bases

GC (%)

Q20

Q30

Avg. quality

zhangkunlongBM2_R1

32509109

3.251(GB)

48

98.06%

93.44%

36.03

zhangkunlongBM2_R2

32509109

3.251(GB)

48

97.26%

91.88%

35.63

zhangkunlongBM1_R1

38571788

3.857(GB)

48

97.81%

92.33%

35.73

zhangkunlongBM1_R2

38571788

3.857(GB)

48

97.68%

92.31%

35.71

 

 7-1.jpg

 

1 SNP分布统计

7-2.jpg

氨基酸变异预测结果

7-3.jpg

氨基酸变异的统计结果

7-4.jpg

变异所在基因的GO分类结果

 

4 KEGG变异所在基因KEGG富集的结果

Category

Term

Count

%

P-Value

Benjamini

KEGG_PATHWAY

Pathways in cancer

16

4.9

1.10E-03

1.20E-01

KEGG_PATHWAY

Maturity onset diabetes of the young

4

1.2

1.10E-02

4.90E-01

KEGG_PATHWAY

Notch signaling pathway

5

1.5

1.10E-02

3.70E-01

KEGG_PATHWAY

Basal cell carcinoma

5

1.5

2.00E-02

4.40E-01

KEGG_PATHWAY

Hedgehog signaling pathway

5

1.5

2.10E-02

3.90E-01

KEGG_PATHWAY

Melanogenesis

6

1.8

3.80E-02

5.40E-01

KEGG_PATHWAY

Renal cell carcinoma

5

1.5

4.20E-02

5.20E-01

KEGG_PATHWAY

Heparan sulfate biosynthesis

3

0.9

8.60E-02

7.40E-01

KEGG_PATHWAY

Arachidonic acid metabolism

4

1.2

8.80E-02

7.10E-01

KEGG_PATHWAY

Acute myeloid leukemia

4

1.2

9.60E-02

7.00E-01

 7-5.jpg 

变异基因与蛋白相互作用图

7-6.jpg

变异的可视化结果图 

参考文献

[1]    http://www.broadinstitute.org/gatk/

[2]    Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protocols, 2008, 4(1): 44-57.

[3]    Yan XJ, Xu J, Gu ZH, et al. Exome sequencing identifies somatic mutations of DNA methyltransferase gene DNMT3A in acute monocytic leukemia. Nature Genetics, 2011, 43(4): 309-315.

[4]    Cingolani P, Platts A, Wang le L, et al. A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3. Fly (Austin), 2012, 6(2): 80-92.

[5]    Cibulskis K, Lawrence MS, Carter SL, et al. Sensitive detection of somatic point mutations in impure and heterogeneous cancer samples. Nature Biotechnology, 2013, 31(3): 213-219.

 

版权声明 | 免责条款 | 隐私政策 | 友情链接 | 联系我们
Copyright 2011 北京市计算中心 版权所有 zving.com. All Rights Reserved
地址:北京市海淀区永丰产业基地丰贤中路7号北科产业3号楼 电话:010-59341768 邮编:100094 E-mail:bioinfo@bcc.ac.cn
备案号:京ICP备20111117号 技术支持:北京市计算中心生物计算事业部技术组