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全基因组De novo测序解决方案

  全基因组De novo测序解决方案

 

 

 

※ 概述  

全基因组De novo测序也叫做基因组从头测序,是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组

进行测序,然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装,最终获得该物种基因组序列图谱。过去三

年,华大分别将黄瓜,大熊猫,白菜进行de novo测序,它的意义不仅在于发现新的基因和SNP位点,更在于

加深了我们对该物种的生长、发育、进化、起源等重大问题的认识,文章全部发表在nature genetics上。基于

此,我们推出De novo测序的完整解决方案,配合您一起探索生物奥秘。 De_novo1

 

※ 实验技术流程

 

                 denovo1.jpg

 

※ 生物信息分析策略
                             

                             denovo1.jpg

 

 

1、基因组拼装统计

提供基因组拼装的基本信息,包括原始数据统计、测序覆盖率统计、Contig N50大小、Scaffold N50大

小、基因组GC含量等信息。

2、基因组注释

包括基因预测、基因功能注释(同NR、Swiss-Prot、Interpro等数据库进行同源比对)、重复序列分析及

Non-coding RNA注释等。

3、基因功能分类

GO分类、KEGG通路分析等。

4、比较基因组学及进化分析

通过比较相近物种的基因组数据,从基因功能、基因组骨架结构、分子进化等方面对目标基因组进行分析。

5、建立数据库

建立符合国际标准且具有良好兼容性的基因组数据库,实现基因组数据的查询与共享。

 

※ 参考文献

1、Rami A.D, et al., Multi-Platform Next-Generation Sequencing of the Domestic Turkey(Meleagris 

gallopavo): Genome Assembly and Analysis. PLOS Biology. 2010, 8(9): e1000475. 

2、Ruiqiang Li, et al., The sequence and de novo assembly of the giant panda genome. Nature. 2010, 

463: 311-7.

3、Sanwen Huang, et al., The genome of the cucumber, Cucumis sativus L. Nature Genetics. 2009, 

41(12):1275-81

 

 

 

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